Cú ăn ba lịch sử của Manchester United
Ferguson đã thực hiện hai bản hợp đồng mới để khích lệ United mùa giải 1997-98: tiền đạo 31 tuổi người Anh Teddy Sheringham và hậu vệ Henning Berg. Tuy nhiên, United trắng tay khi Arsenal vô địch Premier League dưới sự dẫn dắt của Wenger từ đây đã bắt đầu một sự cạnh tranh lâu dài với Ferguson. Trong phần lớn của mùa giải United chơi tốt, họ dẫn đầu bảng xếp hạng trước khi có một loạt các kết quả đáng thất vọng trong quãng thời gian cuối cùng – Arsenal đã được hưởng lợi và chức vô địch cuối cùng đã về với vùng Bắc London. Tại cúp châu Âu, United thi đấu ấn tượng trong chiến thắng 3-2 trước Juventus ở vòng bảng trước khi bị loại bởi AS Monaco trong trận tứ kết. Tại cúp FA, họ bắt đầu tuyệt vời với thắng lợi 5-3 trước Chelsea trước khi thua sốc tại vòng 5 trước đội bóng Burnley (xuống hạng năm đó)
Mùa hè năm 1998 đã chứng kiến tiền đạo Yorke, hậu vệ người Hà Lan Stam và cầu thủ chạy cánh của Thụy Điển Blomquist gia nhập Manchester United với tổng chi phí gần 30 triệu bảng.
Tháng 12 năm 1998, trợ lý của Ferguson Brian Kidd chấp nhận lời đề nghị quản lý Blackburn Rovers và ông đã tuyển dụng Steve McClaren từ Derby County là người kế nhiệm của mình. Trớ trêu thay, đội bóng của Kidd bị xuống hạng trong vòng đấu áp chót khi hòa United 0-0.
Mùa giải 1998-1999 chứng kiến Manchester United giành được cú ăn ba danh hiệu Premier League FA Cup và Champion League vô tiền khoáng hậu với những trận đấu kỳ lạ bậc nhất trong lịch sử bóng đá thế giới. Tại trận bán kết lượt về cúp C1 với Juventus, United bị dẫn trước hai bàn từ rất sớm, tuy nhiên với nguồn cảm hứng từ Roy Keane (anh sau đó bỏ lỡ trận chung kết do bị treo giò), United đã lội ngược dòng xuất sắc đánh bại Juventus 3-2. Trong trận bán kết FA Cup, United phải đối mặt với Arsenal và gần như đã thất bại khi Keane bị đuổi khỏi sân và Arsenal được hưởng một quả phạt đền vào phút chót. Nhưng Schmeichel đã cản phá được, và trong thời gian thi đấu hiệp phụ Giggs đã có một pha đi bóng kỹ thuật từ giữa sân, vượt qua 4 cầu thủ Arsenal rồi sút tung nóc lưới của thủ môn Seaman để có được bàn thắng đáng nhớ nhất trong sự nghiệp của mình giúp United đã giành chiến thắng. Sau đó, họ đánh bại Newcastle United 2-0 ở trận chung kết cúp FA tại sân Wembley nhờ hai bàn thắng của Sheringham và Scholes. Tuy nhiên thắng lợi tại trận chung kết cúp châu Âu (sân Nou Camp của Barcelona) mới là đáng kinh ngạc nhất.
Manchester United bị Bayern Munich dẫn trước 1-0 từ rất sớm nhờ cú sút phạt của Mario Basler, và hoàn toàn bế tắc trong 90 phút chính thức, nhưng chỉ trong 3 phút bù giờ, 2 quyết định sáng suốt của Ferguson: tiền đạo vào thay người Sheringham cân bằng tỉ số 1-1, và tiếp đó Ole Gunnar Sojkear, cũng là một sự thay người, đã ghi bàn ấn định tỉ số 2-1 cho Manchester United – một chiến thắng lịch sử.
Ngày 12 tháng 6 năm 1999, Ferguson đã được nữ hoàng Anh phong tước hiệu Hiệp sĩ cho những cống hiến của mình trong bóng đá.
